Der Anfang
Als im 12./13. Jahrhundert Ritter-, Bürger- und Bauerngeschlechter ins Elbtal einwanderten und sich auch im Müglitztal ansiedelten, erfolgte an dieser Stelle die Errichtung einer Wassermühle. Diese Mühle, an der heutigen Dresdner Straße, entstand bei einem natürlichen Nebenflußlauf der Müglitz, der später mit einer Wehranlage und der Uferbefestigung zum Mühlgraben ausgebaut wurde. Hans von Mogelin, Vasall eines Dohnaschen Geschlechtes, verwaltete anfänglich hier eine Mahlmühle, wobei der erste Verkauf auf das Jahr 1473 beurkundet wurde.
Als erster Müller ist ein Herr Beyl erwähnt, deshalb wurde sie ab hier auch „Beylsmühle“ genannt. Die genaue Entstehungszeit ist jedoch nicht bekannt. Sie könnte gut hundert Jahre älter sein, als angenommen, weil in diese Zeit die Rodung des Osterzgebirges und der Elbaue erfolgte und somit die Holzflößerei auf der Müglitz begann. Auch in der Beylsmühle hat man dadurch Bäume zu Brettern und Kanthölzern gesägt. Aus dieser Zeit stammt noch der Schlußstein über dem großen Torbogen, in welchem das Zimmermannswappen enthalten ist.

Wechselhafte Zeiten
Die Zahl 1697 beziffert den Zeitpunkt, als der Hof mit dem Tor in sich geschlossen wurde, so daß man annimmt, die Architektur des heute noch erhaltenen Drei-Seiten-Hofes geht im Wesentlichen auf das späte 17. Jahrhundert zurück. Im Laufe der Jahre wechselten wie die Besitzer und Pächter auch die Nutzungen der Mühle. 1501 ging das Lehn der Beylsmühle von den Mogelins auf die Bünaus über. 1548 war ein Herr von Körbitz Lehnsherr der Mühle. 

Im Jahre 1580 erwarb sie Heinrich Göding, ein Maler am Kurfürstlichen Hof Dresdens. Neben einer Mehlmahlmühle, der Sägemühle und einer dazu gebauten Ölmühle, betrieb letzterer eine Pferdeumspanne mit Beherbergung und Bewirtung. Er erhielt das „Schankrecht Dohnaischen Bieres zu einem Groschen Zins pro Fass“. Ihm folgten unter anderen auch die Herren Christoph Gottlob Schubert 1797 und dessen Sohn Christian Traugott Schubert 1824, die sich auf den Türsteinen in der Ölmühle, dem Nebengebäude am Mühlgraben, verewigten.
Nach einem Großfeuer 1885 kauft 1893 Christian George Otto Friedrich die Mühle und richtete hier eine Drogen-Mahl- und Schneideanstalt ein. Mit damals technisch modernsten Maschinen und billiger Betriebskraft mittels der Wasserrad-Transmission erlebte die Mühle den stärksten Umschwung in ihrer Geschichte. Fortan wurde sie im Volksmund nur noch „Drogenmühle“ genannt. 

Das Wappen der Drogenmühle zeigt seitdem im oberen Bereich das (oberschlächtige) Mühlrad, darunter ist ein stilisierter Kräuterzweig zu sehen.

1928 übernahm der Sohn Franz Otto Friedrich die Firma und baute unter anderem an Stelle des Wasserrades eine moderne Turbine ein und erhöhte die Produktivität der Drogenmühle enorm. 

In den fünfziger Jahren ging die geschäftliche Leitung an eine Tochter, verheiratete Oesterheld, und Ihren Ehemann über. Diese führten die Drogenmühle bis 1972.

VEB-Arzneimittelwerk
Mit der Verstaatlichung arbeitete die Mühle danach weiter als Teilbetrieb des VEB Arzneimittelwerkes Dresden und produzierte bis 1990.
In der gesamten Zeit der Drogenmühle brachten viele fleißige Heidenauer und Leute aus der Umgebung gesammelte und zum Teil getrocknete Wiesenkräuter, wie z.B. Kamille, Ackerschachtelhalm, Huflattich, Lindenblüten, um nur einige zu nennen aber auch Salbei, Minze und Beifuß, welche hier in der Scheune aufgekauft wurden. Auf den Trockenböden wurden diese Kräuter in Regalen ausgelegt und nach vollständiger Trocknung im Mühlenhaus gemischt, gemahlen, weiterverarbeitet und verpackt. Sämtliche handelsüblichen und landein landaus bekannten Teesorten sind hier hergestellt worden, wie z.B. Haustee, Husten-, Magen-, Hagebutten- und Pfefferminzetee.
Aber auch andere Produkte wie Zinksalbe, Haftpuder, Pepsinwein und Räucherkerzen trugen die Herstellungsbezeichnung „Drogenmühle Heidenau“.
Nach der Reprivatisierung über die Treuhandgesellschaft übernahm 1992 die Firma der anderen Tochter Friedrichs, eine verheiratete Hengst (Fensterbau in Pirna) die Drogenmühle.

Das heutige Gasthaus
Seit 1996 wohnt Familie Hammermann in der Mühle und betreibt seit August 2000 ein ländliches Gasthaus, um die 1990 beräumten Gebäude wieder wirtschaftlich zu nutzen.